Existen varios tipos de microscopios, entre ellos, destacan los siguientes:

+Microscopio óptico:

Está formado por numerosas lentes y generalmente dispone de un "revólver de objetivos", que le permite cambiar la ampliación.

+Microscopio electrónico:

Funciona mediante bombardeo de electrones sobre la muestra. La imagen se proyecta sobre una pantalla. Existen dos tipos, el de transmisión, y el de rastreo. El de transmisión, tiene una mayos magnificación de lo observado, con la desventaja de que se deben tomar muestras de lo que se va a observar forzosamente, a diferencia del de rastreo, que nos permite observar cosas de dimensiones pequeñas, sin tener que diseccionaras.

+Microscopio de efecto túnel:

Dispone de una aguja tan afilada que en su extremo sólo hay un átomo. Esta punta se sitúa sobre el material y se acerca hasta la distancia de 1 nanómetro (10 a la menos 9 metros.) Una corriente eléctrica débil genera una diferencia de potencial de 1 voltio. Al recorrer la superficie de la muestra, la aguja reproduce la topografía atómica de la muestra.

+Microscopio de fuerza atómica:

Similar al del efecto túnel. La aguja entra en contacto con la muestra y detecta los efectos de las fuerzas atómicas. La resolución es similar al del efecto túnel pero sirve para materiales no conductores, como muchas muestras biológicas.